みんな大好きかつ、引くほど遅いmethylation extractorが素敵なBismark。 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/(遅いのがいやならmethylpyか自分で書けばよい https://github.com/yupenghe/methylpy)CX_report.txtと名前のついた出…

JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScriptはApacheベースで割と簡単にインストールでき、比較的サクサク動くので使いやすい。が、インストールするときにデータを置く位置をデフォルトから変えると、結構面倒臭い。 さ…

デフォルトで入っている、Evinceを使えばよい。

firewall-configで設定してしまうのが楽。FedoraWorkstationのserviceでhttp/httpsを起動。 publicのportsに、80/tcpを追加。systemctl enable httpd.service systemctl start httpd.serviceで問題なくアクセスできる。

例として、以下のような箱ひげ図、Violin plotがあったとする。 par(mfrow=c(1,3)) boxplot(x) boxplot(x,notch=TRUE) vioplot(x,col=0) すぐ気付くことではあるが、普通の箱ひげ図だと 中央から四分位点までの広がりが大き過ぎる。 分布が単峰性かどうかな…

というか、以下https://h2ham.net/macos-sierra-use-keychain

lpmなどが使いたかったので、gccが古いCentOS6を捨てて、CentOS7に目もくれず、なぜかFedora25を使い始めた。モダン、かつ人柱感がすごい。。。 あと、ASRockのX58 extreme 3は、 たぶん、SSDやUSBメモリからはOSをブートできない。 BIOSをアップデートして…

lsは本当によく使う。slじゃない。 ls -l #様々な属性も含めて見える ls -a #隠しファイルも見える ls -R #再帰的な検索 ls -ld -- */ #ディレクトリだけ見るtreeも使える。 tree -d -L 2

homebrew使ってると忘れがちだが、 パッケージからインストールしたRをアンインストールするには 以下のようにする。 もしかしたら、最新版を使いたかったのかも知れない。 rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \ /usr/bin/R /usr/b…

非常に基本的なことなのだけど md5値だけを与えられたとき、タブ区切りなどにして躓いたので。 $ md5sum -c md5sum_filename.txtこのとき、md5sum値とファイル名の間は"\ \ "で区切られている。 (半角スペース2つ)ちなみにmd5sumを使う環境はRedhat系を前提…

1)データフレームの一列を分割して新たな列とするstrsplit()でやってみる tmp <- matrix(unlist(strsplit(as.character(mydata$foo), ":")), ncol=2, byrow=TRUE) mydata$bar <- tmp[,1]2)複数のvectorからデータフレームを作るdata.frame()を使う df <- dat…

BLASTは塩基配列やアミノ酸配列のローカルアラインメントを探すソフトウェア。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi特に、Primer-BLASTはとても便利。意外と使っている人が少ないけれど。 内部的にはPrimer3が動いているらしい。 https://www.ncbi.nlm…

Perlの配列から特定の要素を削除する。基本的にはdeleteを使えば良い。 http://perldoc.perl.org/functions/delete.htmlなのだが、これでは特定の要素がundefになっただけで 同じ番号に次のデータが入る訳ではない。 要は、必要なのはリスト構造である。 htt…