コマンドラインでのblastnの使い方

BLASTは塩基配列やアミノ酸配列のローカルアラインメントを探すソフトウェア。
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

特に、Primer-BLASTはとても便利。意外と使っている人が少ないけれど。
内部的にはPrimer3が動いているらしい。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome

だが、ローカルでPrimer-BLASTを動かす方法がちょっと分からない。
せめてプライマー配列の配列特異性 (目的のものと異なる核酸配列に相補的でない)を確かめたいので、ローカルのBLASTを動かしたい。

しかし、BLASTのデフォルトパラメータは、プライマーをクエリとして与えるには向いていない。

さらに、20-30塩基のプライマー配列を扱うのに、わざわざFASTAフォーマットのファイルを作るのもできれば避けたい。つまり、コマンドラインで済ませたい。

結果は以下。便利。

echo -e ">sample\nNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN" | blastn -task blastn-short -db foo_bar.fa

dc-megablastなども便利。