JBrowseでトラックを追加する

JBrowse · A fast, embeddable genome browser built with HTML5 and JavaScriptはApacheベースで割と簡単にインストールでき、比較的サクサク動くので使いやすい。

が、インストールするときにデータを置く位置をデフォルトから変えると、結構面倒臭い。
さらに、頻繁にアップデートしているのはありがたいのだけど、データの追加方法を調べてみると、見たページによって違う。

結果としては、trackList.jsonにデータ情報を書き込めば良い。
tracks.confに書く方法もあるようだが(誤読かも)、どうにもうまくいかなかった。

trackList.jsonの場所はどこでもいい。
とりあえず、"urlTemplate"以外の部分をしっかりと入力するのが大事。
そうすると、入力したファイルへのパスについてのエラーが出てきて、"urlTemplate"をどう書いたらいいかが分かる。
何も反映されない、表示もされない間は、それ以外の部分が間違っている。
具体的には以下のような感じ。

echo ' {
         "autoscale": "local",
         "logScaleOption": true,
         "label" : "mylabel",
         "key" : "mykey",
         "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BigWig",
         "urlTemplate" : "../../mydata.bw",
         "type" : "JBrowse/View/Track/Wiggle/XYPlot",
     } ' | bin/add-track-json.pl data/json/MyGenome/trackList.json