CX_reportからCGmapへの変換 - vi

みんな大好きかつ、引くほど遅いmethylation extractorが素敵なBismark。
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/

(遅いのがいやならmethylpyか自分で書けばよい
https://github.com/yupenghe/methylpy)

CX_report.txtと名前のついた出力を吐くので
以降の解析にはこのファイルを使えばよい。

しかし最近では、BSSeeker2の影響か、
https://github.com/BSSeeker/BSseeker2
CGmapという形式が若干広まってきている。
MethGoとかHOMEとか。
http://methgo.readthedocs.io/en/latest/
https://github.com/ListerLab/HOME

そのため、以下のようなワンライナーで書き換える。

awk -F "\t" -v OFS="\t" '($4+$5>0){print $1,($3=="+"?"C":"G"),$2,$6,substr($7,1,2),$4/($4+$5),$4,$4+$5}'

Bisulfighter用には、また後日書く予定。
https://epigenome.cbrc.jp/bisulfighter

SimpleChangepointCalculatorについては
http://itolab.med.kyushu-u.ac.jp/CPT/
BMapの出力がバイナリっぽいので、
ソースコードを読まないといけない。