CentOS6にMACS2を入れるまで (仮)
MACS2はChIP-seqのデータ解析用のソフトウェア。python2.7で動く。
とりあえずこれで解析しておけばいいかという定番ソフト。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=search&term=18798982%5Bpmid%5D
しかし、CentOS6のデフォルト(システム)はpython2.6だったりする。
そこで、CentOS6にpython2.7をインストールする必要があるが、/usr/bin/のpythonを置き換えたり、あれこれするのは嫌なので、/opt/localにインストールする。
/usr/localでも良いけど、以下の方法に従っている。
http://qiita.com/a_yasui/items/5f453297855791ed648d
./configureしてmakeすると以下のようなメッセージが
Python build finished, but the necessary bits to build these modules were not found: bsddb185 dl imageop sunaudiodev To find the necessary bits, look in setup.py in detect_modules() for the module's name.
若干不安に駆られてググると以下のような回答が
http://stackoverflow.com/questions/3813092/ubuntu-packages-needed-to-compile-python-2-7
以前、同じ作業を行ったときは以下のように全てインストールしていた模様。
#yum install dl-devel sqlite-devel sunaudiodev imageop bsddb185
今回はそのままaltinstallしてみる。/opt/local/binにパスも通す。
そして、MACS2のインストールは、以下を見れば良い。
https://github.com/taoliu/MACS/wiki/Install-macs2
どうやら、pipでやると楽らしいので、pipを入れる。
https://pip.pypa.io/en/stable/installing/
$ wget https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py # python2.7 get-pip.py
そうしたら、numpyなども入れてみる
# pip2.7 install numpy
あとはMACS2を入れればおしまい。
# pip2.7 install MACS2